Les espèces phares
Le Parc National Baie de Baly est d’une importance capitale pour la conservation in situ de la tortue Angonoka (Astrochelys yniphora), en danger critique de disparition.
La végétation est composée de forêts denses sèches semi-caducifoliées, de Tsingy, de mangroves et de savanes arborées.
Y sont recensés 7 espèces de lémuriens dont le Propithecus deckenii, 5 espèces de reptiles et 1 espèce d’amphibiens. L’avifaune est représentée par 112 espèces avec 55 espèces d’oiseaux d’eau.