Les espèces phares
L’AP sur la péninsule d’Ampasindava renferme des massifs forestiers sous forme d’ilots qui subsistent au milieu de formations secondaires : les massifs forestiers d’Andranomatavy au Nord qui est un massif sacré, et celui de Betsitsika dans la partie Ouest. En termes de type de végétation, ces massifs forestiers sont apparentés à la forêt dense humide sempervirente de basse altitude du Domaine phytogéographique du Sambirano ; le site abrite également des mangroves au niveau des exutoires des principaux cours d’eau. Concernant la flore, Ampasindava abrite des espèces à distribution restreinte dont certaines sont connues uniquement du site, comme Lindernia natans et Prockiopsis grandis. Pour la faune, l’AP abrite une biodiversité assez riche avec notamment des espèces à endémiques locales menacées d’amphibien Cophyla berara et de reptile Phelsuma vanheygeni.