Les espèces phares
CMI est composé de différents types d’écosystèmes caractéristiques de cette écorégion de l’ouest de Madagascar : forêts denses sèches semi-déciduales, de grands lacs (Ihotry et les lacs satellites), de grande superficie de mangroves et d’un parc marin. Ce complexe abrite également une forêt de baobabs.
La faune et la flore sont très riches en espèces endémiques, plus spécifiquement en oiseaux d’eau.