Les espèces phares
La forêt de Lokobe représente un des derniers vestiges de forêt dense sempervirente de basse altitude du domaine phytogéographique du Sambirano. Deux écosystèmes principaux se trouvent dans le parc : l’écosystème terrestre et l’écosystème marin. La parcelle terrestre de Lokobe abrite des espèces remarquables notamment des lémuriens à distribution très restreinte, et des espèces menacées de palmiers à l’exemple du Dypsis ampasindavae. La parcelle marine située au sud de la parcelle terrestre est constituée de récif corallien et d’herbiers à phanérogames ainsi qu’une superficie très réduite de mangrove.