Le Fonds d’urgence est une sous-catégorie du Fonds d’Intervention Spéciale (FIS). Tout comme le FIS, il permet à tout gestionnaire d’AP de remédier à des menaces ponctuelles, imprévisibles et urgentes mettant en péril la viabilité d’une cible particulière (un habitat, une espèce de faune ou de flore) ou l’intégrité écologique de l’aire protégée en général. Le fonds sert principalement à financer une ou des activités ne figurant pas initialement dans le PTA du gestionnaire, mais dont la mise en œuvre s’avère primordiale pour faire face à une situation imprévue (généralement une pression/une menace) survenant en cours de l’année comme le feu. Ainsi, ce fonds ne permet pas le financement d’activité de lutte passive comme l’aménagement ou l’entretien de pare-feu, les sensibilisations, etc.) ni des coûts d’investissements.
Par contre, le Fonds d’Urgence (FU) répond aux attentes et besoins de certaines formes d’urgence qui nécessitent des interventions immédiates, dans les heures qui suivent le début/l’alerte pour limiter les dégâts. La situation ne permet généralement pas d’attendre la durée de traitement prolongée. L’objectif principal du Fonds d’Urgence est de mieux répondre aux urgences et aux besoins des AP en développant des mécanismes et des procédures simplifiés de mobilisation et de décaissement du fonds.
La principale caractéristique du FU est de mettre à disposition du gestionnaire un fonds à l’avance, sans passer par une demande normale comme c’est le cas du FIS, et des fonds sont déjà disponibles sur terrain, prêts à être mobiliser en cas d’alerte.